Cuius regio, eius religio
wessen Gebiet, dessen Religion
or der Reformation galt die Staatsgewalt als göttliche Stiftung, und der Staat hatte die anerkannte Religion zu schützen. Im Heiligen Römischen Reich war das katholische Christentum bis zur Frühen Neuzeit faktisch Staatsreligion, Häresie wurde nach Kirchenrecht verfolgt. Ein anderer Zustand war 1517 grundsätzlich nicht vorstellbar, ausgenommen die geduldete jüdische Religion. Nach 1517 wurden weite Landstriche protestantisch, die religiöse Einheit des Reiches zerbrach. Kaiser Karl V., Teile der Fürsten und des Klerus schlossen sich der Reformation nicht an. Reichstage zwischen 1527 und 1545, Religionsgespräche zwischen 1540 und 1546, der Schmalkaldische Krieg 1546/47 und das Augsburger Interim 1548 konnten die Einheit nicht wiederherstellen. Der Verzicht des Kaisers auf den Religionsbann und die Übertragung an die Landesherren war die Antwort auf diese Krise der Reichsverfassung.
Mit dem Passauer Vertrag von 1552 und dem Augsburger Religionsfrieden von 1555 wurde die Verfolgung wegen Häresie gegenüber den Lutheranern suspendiert. Die obrigkeitliche Bestimmung der Religion wurde dabei nicht abgeschafft, sondern auf die Territorien verlagert. Anerkannt waren zunächst nur Katholiken und Lutheraner, der Westfälische Friede bezog 1648 auch die Reformierten ein. 1610 popularisierte der pommersche Kanonist Joachim Stephani diesen Kernaspekt mit dem Satz cuius regio, eius religio. Eng verbunden war das Ius emigrandi nach Paragraph 24 des Augsburger Religionsfriedens: Untertanen, die der Konfession des Landesherrn nicht folgen wollten, konnten mit Familie und Eigentum auswandern, mussten aber zuvor alle herrschaftlichen Verbindlichkeiten ablösen, was den wirtschaftlichen Ruin bedeuten konnte.
Eine wichtige Ausnahme bildete das reservatum ecclesiasticum: Ein römisch-katholischer geistlicher Herrscher verlor seine Besitzungen, wenn er evangelisch wurde. So geschah es, als der Kölner Erzbischof und Kurfürst Gebhard Truchsess von Waldburg die Konfession wechselte, um Kurköln in ein weltliches, erbliches Fürstentum zu verwandeln, was den Truchsessischen Krieg auslöste. Zum Ausgleich für die Protestanten gab König Ferdinand I. die Declaratio Ferdinandea ab, die die Rechte evangelischer Ritter und Städte in geistlichen Territorien sicherte. In Ostdeutschland und im östlichen Norddeutschland setzte sich der geistliche Vorbehalt jedoch nicht durch, geistliche Territorien wie die Hochstifte Bremen, Meißen, Minden, Magdeburg und Lübeck fielen im 16. Jahrhundert an weltliche Nachbarn, nur Bremen und Lübeck bewahrten formal ihren geistlichen, aber lutherischen Charakter bis ins 17./18. Jahrhundert.